Sekolah MTs Negeri 6 Jakarta berusaha mendidik siswa/i untuk menjadi siswa yang memiliki Ilmu Pengetahuan dan Teknologi (IPTEK) yang Modern dan berkembang serta membentuk Karakter yang Religius memegang teguh Iman dan Taqwa (IMTAQ) kepada ALLAH SWT dengan menjalankan Ibadah dan menyayangi Orang Tua dengan berbagai kegiatan sebagai berikut :
- MOPDB ( Masa Orientasi Peserta Didik Baru ) khusus siswa kelas VII
- Pembiasaan (Sholat Dzuhur / Jum'at berjamaah),(Sholat Dhuha berjamaah), (Tadarus Al-qur'an) dan (Tahfidz Al-Qur'an)
- LDKS (Latihan Dasar Kepemimpinan Siswa ) untuk Pengurus OSIS, Pengurus Kelas dan Anggota Ektra Kurikuler
- Study Tour Englist courses (Pare / Kampung Inggris) untuk Siswa Kelas VII
- OSL (Observasi Studi Lapangan ) untuk Siswa Kelas VIII
- Memperingati Hari Besar Agama Islam (Maulid Nabi Muhammad SAW), (Isra' dan Mi'raj), (Idul Qurban/Adha) dan lain-lain untuk semua Siswa MTs Negeri 6 Jakarta
- Training Motivasi untuk Siswa Kelas IX
- Pelepasan dan Pentas Seni Siswa/i dan Guru/Karyawan MTs Negeri 6 Jakarta untuk siswa kelas IX,VIII dan VII
Dekianlah beberapa Program Kegiatan MTs Negeri 6 Jakarta yang sudah berjalan dari Tahun-tahun sebelumnya, Dengan Harapan setelah lulus dari MTs Negeri 6 Jakarta, siswa tersebut memiliki bekal keterampilan dibidang yang mereka sukai dan tentunya Berbudi Pekerti Luhur dengan menyayangi Kedua Orang Tua dan menjalankan Perintah Agama Islam sesuai Aturan yang berlaku. Amin amin ya robbal'alamin